El médico introducirá el tubo a través del esófago pasando por el estómago, hasta llegar al duodeno. El aparato no perjudicará la respiración y no suele causar un dolor excesivo, sino que la molestia está en la posible sensación de deglución y vómitos, que se reduce con los calmantes suministrados.
La exploración suele durar entre 3 y 6 minutos aproximadamente, ya que se trata de una prueba bastante ligera a lo que a tiempo se refiere, por lo que debemos tener presente que las molestias producidas durante la exploración pasarán rápidamente.